Hongos
El hongo del suelo - Micorrhizae
No tan numeroso como las bacterias, el hongo del suelo es esencial en muchos proceso del suelo. Ellos pueden formar moho, setas y levadura. Para el suelo, sólo los mohos y las setas son considerados importantes. Son muy importantes para la descomposición de almidón, celulosa, lignina, goma, azúcares y proteínas. Específicamente, éste descompone el suelo orgánico complejo y, lo mas importante, descompone esas moléculas orgánicas que otros microorganismos no pueden. Los hongos son también importantes en la segregación y estabilización de partículas del suelo, así como para incrementar la habilidad del suelo para proveer un ambiente cómodo para el crecimiento de la planta.
El Micorrhizae se ha convertido en un estudio importante referente a los hongos. Micorrhizae significa "raíz fungosa" y se conoce como la asociación entre los hongos del suelo y las raíces de las plantas altas. Esta asociación funguicida fue descubierta primeramente en raíces de árboles, pero desde entonces se ha encontrado comúnmente en la mayoría de las cosechas agronómicas. La relación fungicida entre las plantas y el hongo, puede ser de gran importancia económica. Los hongos tienen la habilidad de traer más nutrientes al sistema de raíces de la planta para su absorción y utilización. Esta asociación es como la fijación de nitrógeno en las legumbres, donde las bacterias proveen de la planta los compuestos de nitrógeno en respuesta de ciertas proteínas de plantas. Esta asociación simbiótica provee a los hongos con azúcares y otros componentes orgánicos que puede utilizar en su ciclo vital. En respuesta, el hongo realza la disponibilidad de varios nutrientes esenciales, incluyendo fósforo, zinc, cobre, calcio, magnesio, manganeso e hierro.
Hay dos tipos de asociaciones de Micorrhizae, que son de considerable importancia: ectoMicorrhizae y endoMicorrhizae. El grupo endoMicorrhizae, también llamado arbuscular vesícular (AV), Micorrhizae, son quizás los más comunes y más extensos de los Micorrhizae. Las raíces de la mayoría de las cosechas agrícolas, incluyendo el maíz, trigo, papa, frijol, alfalfa, bastón de azúcar, mandioca y arroz de tierra firme, tienen esta asociación Micorrhizae VA. Las células corticales de la raíz de las plantas receptoras, son penetradas por las hifas de Micorrhizae VA. Dentro de las células de las plantas, el hongo forma pequeñas estructuras conocidas como arbúsculos. Estas estructuras son los sitios de transferencia de nutrientes desde el hongo a la planta receptora. Se considera que el aumento de nutrientes disponibles del Micorrhizae, se debe a los nutrientes absorbidos en la superficie, proporcionados por los hongos. Los hongos del suelo tendrán mucho más de diez oportunidades de ser absorbidos en la superficie, en asociación con las raíces, lo que significa que las raíces con asociaciones Micorrhizae pueden absorber hasta 10 veces los nutrientes. También el estrés del agua en plantas infestadas de Micorrhizae, es menos durante la sequía, que en las plantas no infestadas.